内部不能和衷共济，是清军一再受挫，导致战火蔓延的又一重要原因。
围绕如何镇压太平军，清军将帅起始就意见不一。李星沅坐镇柳州，调集兵勇万余人围剿，欲速战速决。周天爵瞧不上李星沅，认为他“全不知兵”，“视事太轻，调兵太少”。向荣也认为不可大题小做，应再调二三万兵力。武宣三里圩之战后，李星沅将战败归咎于周天爵、向荣在前线督剿不力，并萌生退意，奏请另派大员督办广西军务。周天爵听信向荣之言，脚踹贵州镇远镇总兵秦定三，斥其拥兵不前。向荣所部为湖南兵，请功时多保本营之将，“视滇、黔兵蔑如”，此刻又诿过他人，故嫌隙益深；“诸将不能治兵，互相仇怨；将既不和，兵愈解体”[29]。
赛尚阿抵桂林主持军务后，内部摩擦仍在延续。向荣在官村之战遭遇惨败，抱怨乌兰泰策应不力，从此称病怠战。攻打永安时，向荣主张“纵而掩之”，乌兰泰提出“围而击之”，彼此各不相下。此外，兵、勇、练积不相能。这些都削弱了清军战斗力。咸丰帝下诏怒斥道：“以后如不能迅速攻剿，徒延时日，朕惟赛尚阿是问。若或防堵不周，致贼匪溃窜、再扰他处，或城已攻破，诸将不和，争功忌能，致逆焰复张，朕惟乌兰泰、向荣是问。”[30]但这并没有收到效果，战火又蔓延到省会桂林。