之所以会出现这种“纠纷”，是因为我国企业法律制度虽然规定了知识产权可以出资，并且也规定了出资比例最高可以达到多少，但却没有明确是必须用知识产权的专有权出资还是使用权许可出资。这样就造成在某项知识产权能否单独用使用许可权出资时，一直存在不同观点。
认为不仅仅知识产权专有权可以出资入股、知识产权的使用许可权也可以出资入股的观点认为：知识产权出资的本质是一种权利出资，新公司需要的正是这种技术成果权利而不是技术成果本身；知识产权的使用许可权具有相对独立性、可转让性，当然是可以单独出资入股的；知识产权的使用许可权费用要比知识产权专有权低，这符合企业“低投入、高产出”的经营理念。
而认为只有知识产权专有权可以出资入股、知识产权使用许可权不能出资入股的观点认为：按照公司法原理，公司应当以其全部财产承担债务责任，而知识产权许可权利不具备财产权独立性，只有知识产权专有权才有；并且我国公司法规定，以知识产权等非货币财产出资应当办理财产权转移手续，也就是说要通过法律手续把它从个人财产转变为公司财产，而只有知识产权专有权才能依法办理这种转移，使用权转让是不必办理这种转移手续的；知识产权的许可权利资本化，实际上体现的是一种合同关系，而不是实质上的股东和公司之间的关系，因而是违反合同法的，也是不公平的；如果不是以知识产权的专有权出资、而是以使用许可权出资，权利人有可能会与不同的人签订不同的专利实施许可合同，这样就大大降低了专利使用权价值，也就是减少了这种知识产权出资比例，从而让注册资本的价值具有不确定性。